El FEDER o Fondo Europeo de Desarrollo Regional (23.137 millones de euros en la Perspectiva Financiera 2007-2013) y el Fondo de Cohesión (3.543 millones de Euros) son dos de las ayudas europeas más importantes que recibe el Estado Español. Con ellos se financian carreteras, trenes, infraestructuras energéticas, de abastecimiento y saneamiento de agua, de prevención de riesgos, etc. Muchos de estos proyectos pueden suponer una gran afección del medio ambiente, por eso, WWF/Adena y SEO/BirdLife han elaborado un informe donde se analizan los documentos presentados por España para el período financiero 2007-2013. Este informe ha sido enviado a la Comisión Europea, a la presidencia del gobierno y a los ministerios afectados.

Las conclusiones de este informe indican que pesar de la importancia de estos fondos la evaluación de los mismos no ha sido adecuada. En primer lugar no se ha evaluado las afecciones que estos Programas tendrán sobre los espacios protegidos incluidos dentro de la red Natura 2000 incumpliendo así el artículo 6 de la Directiva 92/43/CEE. En segundo lugar los programas operativos presentados por el Ministerio de Economía y Hacienda incumplieron el 60% de las condiciones exigidas por el Ministerio de Medio Ambiente para su evaluación ambiental, incumpliéndose así la Directiva 2001/42/CE.

Además con estos fondos se pretenden financiar proyectos con una alta afección ambiental. Por ejemplo, tan sólo las líneas de Tren de Alta Velocidad que se van a financiar con los Fondos de Cohesión afectarán a 66 espacios protegidos incluidos dentro de la red Natura 2000. Desgraciadamente los ejemplos de infraestructuras impactantes son abundantes: Puerto y Regasificadora de Granadilla en Canarias, Presa de Siles en Andalucía, Autovía A-8 o puerto de Punta Langosteira en Galicia, autovía A-43 en Castilla La Mancha, trenes en Baleares, etc.

Muchas de las infraestructuras planteadas están incluidas dentro del Plan Estratégico de Infraestructuras y Transporte (PEIT) sobre el que la Comisión Europea tiene abierto un procedimiento de infracción contra el Estado Español por no haber evaluado precisamente los graves efectos que tendrá sobre la red Natura 2000.

Otra conclusión de dicho informe es que el conjunto de los fondos europeos financiarán menos del 25% de las necesidades para la correcta gestión de los espacios protegidos de la red Natura 2000. En concreto, los fondos FEDER y de Cohesión sólo incorporan de manera efectiva un 10% de las medidas que podrían destinarse a este fin. Como la financiación de los espacios protegidos incluidos dentro de la red Natura 2000 se debe hacer principalmente a través de los fondos europeos, y la cantidad aportada por los mismos es claramente insuficiente, el Estado Español no pondrá recursos financieros suficientes para cumplir con sus obligaciones de gestión y conservación de los espacios de la red Natura 2000 impuestas por las Directivas de Aves y de Hábitats con el fin de detener la pérdida de biodiversidad en el 2010.