Según el texto que acaba de aprobar el Consejo de Ministros, la Agencia integrará y desempeñará todas las funciones relacionadas con la protección de la salud de los consumidores, a excepción del control higiénico-sanitario de mercancías alimentarias en frontera, y velará por la consecución y mantenimiento de la seguridad en todas las fases de la cadena alimentaria, mediante procedimientos de coordinación, seguimiento y evaluación.

La Agencia se encargará, además, de coordinar de forma centralizada, y en estrecha relación con las autoridades territoriales competentes, un Sistema de Intercambio Rápido de Información o Red de Alerta Alimentaria, a través de la cual se difundirá cualquier información "que pueda comprometer de forma grave y potencialmente inmediata la salud de los consumidores".

La Agencia actuará igualmente como punto de contacto de España en el Sistema Comunitario Europeo de Intercambio Rápido de Información. Corresponde además a la Agencia, a través de su director ejecutivo, la puesta en marcha de la Red de Alerta alimentaria nacional, a iniciativa propia o a instancias de las autoridades autonómicas competentes o de la Comisión Europea.

A la Agencia le corresponden asimismo, y entre otras, las siguientes funciones: