El pasado 20 de Noviembre de 2001, la organización dirigió una queja a la Comisión Europea por considerar que el Proyecto del Puerto de Sevilla varias Normativas, entre las que se encuentra la Evaluación de Impacto Ambiental, la Ley de Costas, el Real Decreto sobre Biodiversidad y la Directiva Marco de Agua.

La Comisión ha admitido la queja a trámite administrativo. Guido Schmidt, responsable de WWF/Adena ha declarado que "la admisión de la queja significa reconocer indicios de la ilegalidad medioambiental del Proyecto".

El Proyecto ya había recibido un informe negativo por parte del Patronato de Doñana, preocupado por los impactos negativos e irreversibles sobre este lugar Patrimonio de la Humanidad.

Las alegaciones al Estudio de Impacto Ambiental sobre las actuaciones de mejora en los accesos marítimos al Puerto de Sevilla, tramitado por la Autoridad Portuaria de Sevilla, se encuentran disponibles en la web www.panda.org/europe/donana/esbackground.htm.