Aunque el Comité acordó aprobar el presupuesto total para el programa, decidió modificar las partidas presupuestarias asignadas a cada una de las subdivisiones del programa, así como las propias subdivisiones, entre las que se excluye el programa de investigación de EURATOM.

Igualmente, pese a que estaba de acuerdo sobre la estructura global del Programa Marco, opinó que el programa de investigación debería estar compuesto por ocho subdivisiones (áreas temáticas), en principio muy similares a las siete subdivisiones propuestas por la Comisión. Cada una de las subdivisiones propuestas debería tener su propio capítulo presupuestario y su propio grupo experto consultivo.

Durante la votación, el Comité decidió dividir dos de las subdivisiones. Así, el capítulo sobre "Energía, el desarrollo sostenible, la diversidad biológica y el cambio global se dividió en tres partes: Energía; Desarrollo Sostenible y Cambio Global; y Transporte.

El Comité también adoptó una enmienda que crea un instrumento nuevo, al que se le ha llamado "escalera a la excelencia", para mejorar el funcionamiento práctico del Programa. También opina que los instrumentos utilizados en el 5º Programa Marco todavía en vigor no deberían ser abandonados completamente, y proponen una transición suave entre ambos Programas.

A fecha de ayer, el Comité ya había alcanzado un acuerdo sobre algunas áreas de investigación como nanotecnologías, aeronáutica e investigación espacial y sociopolítica, Continuando con una maratoniana sesión nocturna que se inició a las 9 de la noche para concretar algunas detalles presupuestarios así como para los temas de salud y de seguridad en los alimentos.

El informe final del Comité será votado por el Pleno del Parlamento, mediante el procedimiento de codecisión (primera lectura) en la sesión plenaria de noviembre en Estrasburgo.