En opinión de Depana, el proyecto incumple dos apartados de la directiva europea de Aves ya que no tiene en cuenta los criterios científicos en la consideración de Zonas de Especial Protección de las Aves (ZEPA).

Depana también considera que el proyecto vulnera la directiva sobre hábitats porque la ampliación de las instalaciones aeroportuarias supondrán "una degradación irreversible sobre las especies y hábitats prioritarios que existen en la zona".

La organización asegura que la propuesta que ha hecho AENA para ubicar la tercera pista "provoca un conflicto que hasta ahora no existía entre aves y aviones, que puede poner en peligro a los usuarios de aeronaves y esto pretende utilizarlo AENA para que, cuando la pista esté operativa conseguir la descatalogación de la ZEPA".

Los ecologistas plantean que la tercera pista se haga girar unos 12 grados respecto a su ubicación actual, lo que permitiría respetar las zonas húmedas existentes, minimizar el impacto ambiental y eliminar el impacto acústico sobre las zonas habitadas.