El Gobierno regional realiza anualmente un estricto control del agua del río Lozoya según los estándares internacionales de calidad, y ha concluido que durante 2010 el estado ecológico de este río es de 'bueno' a 'muy bueno', manteniendo los niveles más altos de los últimos años, lo que lo convierten en el río de aguas más limpias de la región y uno de los mejores de España para el consumo humano. 

La principal conclusión de los estudios que viene realizando la Consejería de Medio Ambiente, Vivienda y Ordenación del Territorio desde 2002 es que el tramo alto del Lozoya presenta apenas se aprecia ningún tipo de contaminación o alteración. Como ejemplo de la buena calidad de las aguas de este río y su estado de conservación, cinco de las siete especies de invertebrados acuáticos incluidas en el Catálogo Regional de Especies Amenazadas están presentes en el Alto Lozoya.

Los peces más singulares presentes en el Valle de El Paular son el calandino y la lamprehuela, ambas especies catalogadas en peligro de extinción, junto a la boga y la bermejuela, otras dos especies endémicas de la península. Junto a ellos, los tramos altos del río Lozoya mantienen uno de los escasos núcleos de trucha común autóctona que no presentan introgresión genética y se pueden encontrar decenas de especies de invertebrados acuáticos típicos de aguas limpias y transparentes.

Estaciones de muestreo 
Para determinar el estado ecológico en la cuenca alta del Lozoya, la Comunidad ha implantado en el cauce del río 15 estaciones de muestreo de las que se obtiene una serie de medidas. El buen estado de las aguas de un río se basa en múltiples criterios tales como el de la calidad y desarrollo del bosque de ribera, la presencia de determinadas especies indicadoras -como invertebrados o plantas acuáticas-, las características físico-químicas del agua o el grado de diversidad de los distintos hábitats acuáticos.

Los análisis químicos se centran en la detección de posibles contaminantes y se fija el índice de Calidad del Bosque de Ribera (QBR), que permite la determinación de la calidad de los sistemas ribereños, y el índice del Hábitat Fluvial (IHF), que evalúa la presencia y naturaleza de los distintos hábitats fluviales.